Мариано Рубен Пуэрта родился 19 сентября 1978 года в аргентинском городе Сан-Франциско. Профессиональную карьеру начал в 1996 году. За время выступлений выиграл три турнира АТР (в 1998 году в Палермо, в 2000 году в Боготе, а также в Касабланке в сезоне-2005), заработав при этом 1,695 миллиона долларов призовых.
Лучшим достижением Пуэрты на турнирах «Большого шлема» стал выход в финал «Ролан Гаррос» в сезоне-2005, где он уступил испанцу Рафаэлю Надалю. В августе того же года Мариано поднялся на самое высокое в своей карьере, девятое место в рейтинге АТР.
Карьера Пуэрты дважды прерывалась по причине допинговых скандалов. В 2003 году он был дисквалифицирован на два года за использование запрещённого вещества кленбутерола. Затем срок дисквалификации был сокращён до девяти месяцев.
В декабре 2005 года допинг-проба аргентинца показала позитивный результат на присутствие препарата этилэфрина. Спортсмен был повторно дисквалифицирован на восемь лет, но затем срок отлучения от тенниса был уменьшен до двух лет.